Struktur organisasi STT JOHANES CALVIN dirancang untuk mendukung tata kelola yang profesional, transparan, dan akuntabel dalam penyelenggaraan pendidikan teologi.

Ketua Sekolah Tinggi memimpin organisasi dengan didukung oleh para Wakil Ketua di bidang Akademik, Kemahasiswaan, serta Administrasi dan Keuangan. Setiap program studi dikelola oleh seorang Ketua Program Studi yang bertanggung jawab atas mutu akademik dan pengembangan kurikulum.

Seluruh elemen organisasi bekerja secara sinergis untuk mewujudkan visi dan misi STT JOHANES CALVIN dalam menghasilkan sumber daya manusia yang unggul dan berkarakter di bidang teologi serta pendidikan agama Kristen.